La demande en mariage
La relation entre Luke et Lorelai continue durant toute la saison. Lorelai, qui avait demandé Luke en mariage dans le dernier épisode de la saison précédente, voit sa demande acceptée. Par ailleurs, un trou dans la maison obligera le couple à prendre une décision importante : la faire reconstruire ou en acheter une nouvelle. Mais malgré l'achat de la maison Twickham, Lorelai est bien trop attachée à sa petite bicoque pour en changer. Commencent alors de gros travaux, avec aux commandes le beau-frère de Luke, T.J... Ce qui ne laisse d'ailleurs présager rien de bon... Avec l'absence de Rory, Lorelai va soigner aux petits oignons les ouvriers qui travaillent aux réparations.

La nouvelle fille de Luke
Vers la mi-saison, Luke apprend qu'il a une fille de 12 ans nommée April. La gamine est en fait le fruit d'une liaison que Luke a eu avec Anna Nardini il y a des années de cela. Mais la jeune femme n'a jamais jugé utile de révéler à l'enfant qui était son père. Sauf qu'April, gamine surdouée, décide de faire un test ADN elle-même dans le cadre d'un exposé de science pour découvrir qui est son vrai père. Une fois le choc passé, Luke décide d'apprendre à connaître sa fille, mais n'ose pas en révéler l'existence à Lorelai. C'est seulement des mois après sa découverte qu'il se décidera enfin à lui en toucher un mot... Blessée, Lorelai fera néanmoins de son mieux pour ne pas rendre les choses plus difficiles et briser son couple si parfait. Elle acceptera même de reporter le mariage.

Christopher est de retour
Par ailleurs, pour compliquer encore un peu plus les choses, Christopher reviendra à Stars Hollow pour quelques épisodes, toujours sous le charme de Lorelai. Même si il saura rester distant, conscient que Lorelai est heureuse avec Luke et qu'ils vont bientôt se marier, les événements vont lui donner l'opportunité de voir son rêve de former à nouveau un couple avec la mère de sa fille se réaliser.

La saison se terminera pour Lorelai sur un véritable coup de théâtre... Lorelai pose à Luke un ultimatum: le mariage ou elle s'en va... mais Luke n'est pas prêt à cause d'April. Lorelai va alors chercher du réconfort auprès de Christopher. Et l'épisode se termine avec Lorelai se réveillant nue dans le lit de Christopher, avec ce regard qui en dit long : "Qu'est-ce que je viens de faire ? Je viens de ruiner la plus belle relation que j'ai jamais eu pour coucher avec un homme qui ne m'a jamais causé rien d'autre que des problèmes".

La relation mère-fille : mauvaise passe
La saison 5 s'était terminée alors que Rory venait de briser le coeur de sa mère en annonçant non seulement son intention de quitter Yale, mais en plus de déménager chez ses grand-parents. Elle est donc en énorme conflit avec sa mère, et ce conflit durera jusqu'à la moitié de la saison. Elle veut vivre une vie complètement différente. Tout juste la pire crainte de Lorelai, qui a toujours voulu que sa fille ne vive pas ce qu'elle a elle-même vécu à Hartford et qui l'a toujours éloignée de ses grands-parents. Lorelai sera également en dispute permanente avec ses parents, qui l'ont trahi à la fin de la saison dernière, lui faisant un coup bas en prenant Rory sous leur aile et en n'essayant pas de la faire changer d'avis concernant Yale, contrairement à ce qu'ils avaient convenu précédemment avec leur fille. Le conflit familial prendra dès lors un nouveau tournant... mais la séparation deviendra de plus en plus douloureuse et insupportable pour la mère comme la fille.

Les avis du public et des actrices
Alexis Bledel, qui interprète Rory, est particulièrement ravie de la nouvelle direction que prend son personnage : "Rory était épuisée la plupart du temps. Maintenant, elle prendra la vie plus à la légère. Je trouve ça chouette". Mais Lauren Graham (Lorelai) avoue être effrayée par ce changement, qui lui demandera encore plus de qualité dans son interprétation. Pas facile de jouer les mères abandonnées ! Un nouveau défi, donc. Les fans par contre, n'ont pas vraiment apprécié le froid entre Lorelai et Rory, tandis que sur le plateau, les avis étaient plutôt partagés. "Ce n'était pas ma saison préférée" a admit Lauren Graham. Mais c'est également pour des raisons personnelles : "travailler avec Alexis Bledel tous les jours, ça m'a manqué". De plus, elle pense que ça sonne faux par rapport à son personnage "Je me suis battue avec l'idée que Lorelai, étant parent, irait le plus loin possible pour arrêter le conflit avec sa fille". Elle a "harcelé" les co-créateurs Amy Sherman-Palladino et Dan Palladino cette année plus que jamais "Je suis sure qu'ils n'ont pas du tout aimé". De nombreuses critiques prennent son parti. Ted Cox du Chicago Daily Herald disait "c'était comme si soudainement les personnages étaient manipulés pour créer du drame, plutôt que de permettre au drame de se poursuivre naturellement...". Les créateurs concèdent qu'il est difficile d'inventer de nouvelles histoires pour une série qui dure depuis si longtemps sans que ça ne paraisse arrangé. Mais dans ce cas, ils pensaient qu'il était important de faire quelque chose qui remue Rory profondément. "Personellement, j'ai aimé la psychologie des personnages cette année plus que tout autre parce que nous avons vraiment créé des histoires sur la relation mère-fille". Les créateurs essaient donc clairement d'éviter l'essoufflement qui affecte habituellement les séries au cours de leur 6ème saison.

Réconciliations
Les deux jeunes femmes se réconcilieront vers la mi-saison, dans "Petits secrets entre amants", qui est un des meilleurs épisodes de la saison. Et Rory reprendra également ses études vers cette même période, un peu grâce à Jess qui apparaît dans deux épisodes de cette saison! Elle va même rapidement prendre la place de Paris au journal au titre d'éditrice... ce qui ne va pas beaucoup plaire à cette dernière.

Sa relation avec Logan Huntzberger
Rory est toujours avec Logan, et sa nouvelle vie lui donne encore plus l'occasion de passer du temps avec son petit amie. Concernant Logan, Amy Sherman-Palladino a dit : "Nous aimons vraiment les voir ensemble. J'aime le fait qu'elle ait un petit ami qui ne tombe pas tout simplement à ses pieds et ne la trouve pas aussi angélique, charmante, merveilleuse et parfaite qu'elle l'est. Il est un mec difficile, qui ne s'engage pas facilement".

Lorsque Jess Mariano fait son retour dans un épisode de la mi-saison, celui-ci a une confrontation avec le nouveau petit ami de Rory qui sera lourde en conséquence pour le couple... Rory réalise alors qu'elle a fait un mauvais choix en abandonnant tout, et décide de faire une pause avec Logan pour réfléchir et réaménagera sa vie. Le problème, c'est que Logan va prendre ça pour une rupture, ce qui fâchera Rory, qui décidera une fois pour toute de mettre fin à cette relation qui ne lui ressemble pas.

Mais Logan est bien décidé à reconquérir le coeur de sa belle, et va mettre beaucoup de moyens en oeuvre pour arriver à ses fins... avec succès. Rory finira même par emménager avec lui, n'ayant plus trop le choix après avoir été virée de l'appartement du campus par Paris. Vers la fin de la saison, Logan a un accident et est emmené à l'hôpital... Dans le dernier épisode, son père l'envoie à Londres pour sa formation et pour en faire un businessman sérieux et responsable.

Paris Gellar nous réservera également de belles surprises cette saison, notamment lorsqu'elle va se mettre tout le journal Daily News à dos... En effet, nommée éditrice du journal, elle va mettre en place une politique de travail stricte et très rude pour les étudiants, qui vont bientôt ne plus supporter du tout leur nouveau chef. Cela donne lieu à des moments très drôles. Paris et Rory partageront à nouveau un appartement ensemble, avec Doyle, le temps de quelques épisodes, jusqu'à ce que Paris soit virée et que Rory prenne sa place au journal... Dès lors, Paris mettra Rory à la porte et elles redeviendront les meilleures ennemies du monde, pour notre plus grand plaisir...

Lane Kim, la meilleure amie de Rory, va continuer à grimper avec son groupe de rock. Elle et Zach sont toujours ensemble et devront faire face à des hauts et des bas. Mais vers la mi-saison le groupe va se dissoudre et elle va rompre avec Zach... à cause de la jalousie et l'irresponsabilité de celui-ci. C'est pourquoi elle emménagera chez sa mère, avec qui elle va tenter de se réconcilier. Ce qui nous permettra d'avoir encore de franches rigolades !! Elle va retrouver son mauvais caractère, être fâchée tout le temps, juste comme on l'aime !! Nous allons également être très surpris par Mme Kim qui, voyant la peine de sa fille, va lui remonter le moral avec une bouteille de whisky !!! Et puis, les choses vont rentrer dans l'ordre avec Zach... et c'est peu dire puisque vers la fin de la saison (épisode 18) on aura droit à un mariage !!!

Les choses vont aller en s'empirant entre Lorelai et ses parents. Après leur terrible trahison, elle ne les porte pas dans son coeur. Rory, de son côté, va apprendre ce que c'est que de vivre avec Emily et Richard 24h sur 24... et elle va vite comprendre pourquoi Lorelai a préféré les fuir dès l'âge de 16 ans. Ils vont notamment se mêler de sa vie privée, en apprenant avec effroi que cela fait belle lurette que Logan et Rory ont fait l'amour pour la première fois. La sévérité de ses grand-parents et leurs petites manies insupportables vont vite énerver Rory, qui va entrer en conflit avec Emily. Elle va alors se réconcilier avec Lorelai, et les deux jeunes femmes vont être contraintes de réitérer les vendredis soirs, qui seront de plus en plus insurmontables, maintenant que toute la famille est en froid !

- L'ancienne secrétaire d'état Madeleine Albright apparaîtra dans le septième épisode de la saison. Elle jouera son propre rôle, dans un rêve de Rory dont elle est l'idole.
- Milo Ventimiglia réapparaîtra dans la peau de Jess pour 2 épisodes.
- La soeur de Luke, Liz, et son mari T.j. seront de retour à Stars Hollow.
- Sheilyn Fenn interprétera Anna Nardini, l'ancienne petite amie de Luke, avec qui il a eu un fille il y a 12 ans... Celle-ci réapparaîtra en pleine préparation de son mariage avec Lorelai. Elle sera jouée par Vanessa Marano ("Twin Peaks"). "Luke a déjà une mère et une fille dans sa vie, et maintenant il va avoir une autre mère et fille de l'autre côté" déclare Fenn. "Anna est une mère futée. Elle n'est pas là en raison de sa propre relation avec Luke, mais à cause de sa fille".
- Carole King va reprendre son rôle de Sophie Bloom dans la série, et a même célébré son retour en réenregistrant son hit "Where You Lead, I Will Follow" qui est le thème de la série (le générique de début). Elle l'a enregistré avec sa fille, Louise Goffin. Elle réapparaîtra en tant que Sophie Bloom (qui tient le magasin de musique de Stars Hollow).
- Le chanteur Paul Anka va également apparaître vers la fin de la saison... dans un rêve de Lorelai. Nous aurons même le plaisir de le voir chez Doose's.
- Entre autres Sonic Youth, Sam Phillips, Yo La Tengo, Sparks et Joe Pernice se sont précipités à Stars Hollow, après avoir entendu dire que le troubadour de la ville (Grant-Lee Phillips) avait été découvert par le manager de Neil Young. "Nous jouons notre propre réalité comme quoi il y a une communauté de troubadour de la côte est, des gens qui jouent de la musique aux coins des rues". Amy et Dan Sherman-Palladino ont fait ensemble une liste des artistes qu'ils souhaitaient voir apparaître dans le dernier épisode comme des musiciens de rue, et ont obtenu une réponse enthousiaste.
- Thurston Moore et Kim Gordon, du groupe Sonic Youth, étaient entrés dans les studios de la Warner Bros le 7 avril 2006 pour enregistrer une version acoustique d'une nouvelle chanson pour le season finale de Gilmore Girls. Le morceau, "What a Waste" fera partie de leur prochain album, "Rather Ripped" à sortir pour le 13 juin.